L'histoire du jeu débute pendant la 2e partie de la grande guerre des ninjas dès la fin de Naruto Shippūden: Ultimate Ninja Storm 3, où Naruto Uzumaki (Orbe des démons à queues) a détruit le masque de Tobi et dès la fin du combat entre Kabuto en mode Ermite contre Itachi Uchiwa (Réanimé) et Sasuke Uchiwa (Kaléidoscope hypnotique du Sharingan éternel) dans Naruto Shippūden: Ultimate Ninja Storm 3 Full Burst.