Lors de sa précédente mission, Samus Aran avait débarrassé la planète SR388 de tous ses metroids, n'en conservant qu'un exemplaire pour la recherche. Dans un laboratoire secret de l'Académie des Sciences Spatiales, des chercheurs mènent une série de travaux sur la larve. Samus reprend le chemin de sa planète, lorsqu'une alerte lui parvient des laboratoires de recherche. Quand elle arrive sur place, les gardiens et l'équipe de chercheurs ont été éliminés et le metroid a disparu. Grâce à un enregistrement, elle découvre la cause du désastre. Des pirates de l'espace ont fait irruption pour prendre possession de la larve. Les hors-la-loi se sont retranchés sur Zebes, avec à leur tête l'ancien disciple de Mother Brain, Ridley. Pour la troisième fois, Samus va devoir reconquérir la paix de la galaxie.

Six énormes zones remplies d'objets et de passages secrets à explorer, tout un arsenal de lasers, missiles et autres gadgets à la disposition de Samus, des boss nombreux et gigantesques. Sans aucun doute l'un des meilleurs jeux de la Super Nintendo.