Wario, l'ennemi juré de Mario, apprend qu'une nouvelle pyramide a été découverte dans la jungle. Une occasion rêvée pour notre lascar avide de nouvelles richesses de partir à la chasse au trésor. C'est donc dans cette optique de recherche de diamants et de pierres précieuses que commence l'aventure. Un bon prétexte à un jeu d'action dans le pur esprit de la série.

Dans chaque niveau, il vous faut trouver la clé pour débloquer la zone suivante. Bien sûr, une série de monstres et d'obstacles sont là pour vous en empêcher. Pour vous en débarrasser, vous aurez plusieurs solutions : vous pourrez leur charger dessus, leur sauter dessus, ou encore leur envoyer des objets trouvés dans le décor. Une multitude de surprises vous attend dans chaque monde. Certains endroits du jeu ne seront accessibles qu'après avoir rempli certaines conditions. Dans le niveau des fleurs par exemple, vous ne pourrez accéder aux plates-formes hautes qu'en vous faisant piquer par une abeille. La piqûre de l'insecte vous faisant gonfler, vous décollerez du sol pour atteindre les endroits jusqu'alors inaccessibles. Cette variété de situations renouvelle sans cesse l'intérêt du jeu tout au long de la progression.