Link est un jeune garçon qui vit avec sa grand-mère sur l'île de L'Aurore, l'une des nombreuses petites îles perdues au milieu des eaux de la Grande mer. Le jour de son douzième anniversaire, Link rencontre un oiseau géant qui porte une fille. Link sauve la fille, mais sa propre soeur est emportée par l'oiseau. La jeune fille inconnue est un capitaine de pirate nommé Tetra, qui accepte d'aider Link à trouver et à sauver sa sœur. Au cours de leur voyage, les deux se rendent compte qu'un mal puissant et légendaire est à nouveau actif et doivent trouver un moyen de l'arrêter.

The Wind Waker est le dixième épisode de la série Zelda. Comme ses prédécesseurs, c'est un jeu d'action avec des éléments de résolution de puzzles et de jeux de rôle légers. Les mécanismes de base du jeu sont similaires à ceux que l'on trouve dans Ocarina of Time : Link explore des zones extérieures et des cachots en 3D, combattant des ennemis et résolvant occasionnellement des énigmes environnementales. Un ajout au système de combat est la capacité de parer à des moments précis, ce qui est nécessaire pour vaincre des ennemis blindés. Une autre nouveauté consiste à récupérer et à utiliser certaines des armes utilisées par les ennemis. Comme dans les jeux précédents, Link peut utiliser des outils tels que l'arc et les flèches, le boomerang et les bombes.

Link doit traverser la Grande Mer pour se rendre sur d'autres îles. Il utilise une baguette appelée le Wind Waker pour changer la direction du vent en le conduisant et en produisant des mélodies. Le Wind Waker est également utilisé pour la téléportation et la résolution de puzzles. Link peut utiliser les courants de vent pour planer et accéder à des zones éloignées.

Visuellement, le jeu utilise des graphismes en Cell-Shading pour créer une apparence de dessin animé. Les proportions du corps et les traits du visage des personnages ne sont pas réalistes, ce qui complète le style. Les grands yeux de Link, en particulier, ont également une fonction liée au jeu, donnant des indices au joueur en regardant des objets spécifiques nécessaires à la résolution des énigmes.