Le monde légendaire des petits dragons colorés est régi par l'existence d'un arbre magique, le Super Happy Tree. Il envoie sur toute la vallée des ondes de bonheur et de douceur. Les habitants de ces lieux étaient comblés de joie, jusqu'au jour où l'arbre disparaît. La tristesse envahit rapidement le cœur des êtres de ce monde qui sombre progressivement dans le désarroi. Une poignée de courageux Yoshis décide alors de partir en quête de l'arbre du bonheur afin de rétablir les choses.

Yoshi's Story emprunte une partie du gameplay de Yoshi's Island. Les dragons ont toujours un appétit d'ogre, et ils n'hésiteront pas à déballer leur organe de deux mètres pour gober les ennemis avoisinant. Après les avoir digérés, ils les recracheront sous forme d’œufs. Ces derniers peuvent alors servir de projectiles pour attaquer ou libérer des bonus. A part manger, nos fabuleux animaux doivent se mouvoir. Ils savent courir, nager, dénicher des secrets en reniflant, et voler un court instant. Contrairement à Yoshi's Island, les stages ne comprennent pas de sortie. La progression suit une boucle indéfiniment tant que les reptiles n'ont pas mangé 30 fruits et atteint un degré de bonheur suffisamment élevé.