Comme son prédécesseur, Yo-Kai Watch Busters 2 a été crée à partir du mode Blaster T de Yo-Kai Watch 3. Le gameplay est le même que dans Yo-Kai Watch 3, à savoir partir en mission pour collecter les mumulettes à travers les différents donjons et combattre des Boss. Dans les maps il y a des pièges (Oubli de la carte, dégâts etc..). Les cartes du jeu sont aléatoires, et on commence les niveaux sans connaitre au préalable la carte.