Fox McCloud revient et se voit confier une mission différente de celle à laquelle il est normalement habitué. À l'extrémité du système Lylat, une armée maléfique, dirigée par le General Scales, détruit le monde de la planète des dinosaures, rendant tous ses habitants impuissants. Il appartient maintenant à Fox McCloud et à son équipe de sauver la planète et de détruire l'armée du mal.