De même que dans Pokémon Or et Argent, ces deux versions mettent en avant Luth ou Célesta dans une quête pour devenir Maître Pokémon. Cette quête passe par l'exploration de la région de Johto, où huit champions d'arène doivent être vaincus pour accéder à la Ligue Pokémon. Johto, région de légendes où de nombreuses énigmes et Pokémon rares sommeillent ! L'exploration des Ruines d'Alpha, des tours de Rosalia, ou encore du Bois aux chênes, entre autres, sont ainsi des passages obligatoires dans cette aventure. La Team Rocket, même privée de son ancien boss Giovanni, a mis au points de nouveaux plans machiavéliques en vue de sa "résurrection". Il appartient au joueur de la contrer quels que soient les prix pour cela. L'aventure se poursuit également dans la région de Kanto, où d'autres dresseurs et champions, d'un niveau encore supérieur, sont à défier.
Dégaine tes Pokéballs, une aventure épique t'attend à Johto, y compris Ho-oh.