Cortex, ridiculisé par Crash, se retrouve sans aucun support logistique sur Terre et ne peut donc plus espérer y collecter les différents cristaux qui lui donneraient une puissance sans précédent. Mais aussi improbable que cela puisse paraître, le génie diabolique décide de contacter son pire ennemi depuis sa station spatiale orbitale pour lui demander de l'aide. Cortex réussi en effet à convaincre Crash que seule une puissance telle que celle dégagée par les cristaux peut éviter la destruction de la Terre qui résultera d'un prochain alignement des planètes. En bon héros, Crash se met aussitôt en quête des cristaux quand il est alors interrompu par le docteur Brio, ancien sbire de Cortex, qui met le marsupial en garde contre les intentions réelles de son ancien patron. Mais le repenti est il pour autant mieux intentionné ?