Avec l'aide de son armée de samouraïs des ténèbres, Ronin a pour mission de voler les souvenirs des Ninjas grâce à une puissante arme ancestrale, le Glaive d'obsidienne. Les joueurs affronteront leurs adversaires tout en explorant une mystérieuse nouvelle île, mais aussi des lieux emblématiques de la série, comme le Temple de glace, les Marais toxiques, l'île de Chen et le village montagnard de Spinjago, où les Ninjas apprennent à maîtriser l'art du Spinjitzu.