Xenogears est un RPG de style japonais comportant quelques caractéristiques distinctives. Les personnages ont la capacité de sauter, ce qui doit être utilisé à plusieurs reprises pour accéder à des emplacements spécifiques. Il existe deux types de combat dans le jeu: standard et gear. En combat standard, les personnages se battent avec des armes équipées, apprenant et effectuant différents combos pouvant être exécutés en un tour. Mais souvent, les héros devront explorer des donjons tout en pilotant des robots géants appelés "Gears". Les combats des Gears suivent différentes règles: ils peuvent effectuer des actions jusqu'à ce qu'ils soient à court de carburant. Le joueur doit donc se concentrer sur l'achèvement rapide de l'ennemi. Il est possible d'équiper divers équipements, y compris ceux qui leur permettront de restaurer partiellement le carburant. Les Gears ne peuvent pas passer au niveau supérieur, mais peuvent être améliorés dans des ateliers.