Toy Story est un jeu de plates-formes en 2D, respectant les caractéristiques principales du genre. On dirige Woody dans une multitude de décors différents de la chambre d'Andy à la maison de Syd, le petit voisin diabolique, en passant par Pizza Planet, restaurant ayant pour thème l'espace et la science-fiction. Le cow-boy utilise son lasso dorsal comme fouet pour affronter ses ennemis. Nous sommes dans un jeu Disney, vous ne pourrez donc que neutraliser ces derniers pendant un temps donné. Woody peut également user de son lasso pour se balancer d'anneau en anneau afin de franchir des gouffres. Les objectifs des niveaux sont variés : course contre Buzz l'Eclair, fuite sur le dos de Rex, etc. Un niveau vous demandera également de déblayer le chemin des jouets afin qu'ils puissent aller se cacher en vue du retour de leur propriétaire. On trouvera même un Doom-like où il s'agira de ramener les petits martiens à leur machine attrape-peluche. Enfin, deux niveaux en vue de dessus, vous demanderont de ramener Woody à un point donné à l'aide de Karting, la voiture télécommandée. Sachez en outre que quelques boss ponctuent la progression.