Twilight Princess est le premier jeu Legend of Zelda pour la Wii et aussi le dernier pour la GameCube. Au début, Link est un simple garçon de ferme, dont les tâches consistent à garder des chèvres pour surveiller les enfants du village d'Ordon, la ville natale de Link. Un jour, le maire demande à Link de faire une course dans Castle Town, mais les choses tournent mal...

La terre devient sombre, et d'étranges créatures apparaissent d'un autre monde appelé le Twilight Realm, qui se transforme pour la plupart en fantômes. Link, cependant, devient un loup. Après être devenu un loup, Link est aidé par Midna, une résidente du Twilight Realm. Midna aide Link à trouver un moyen de redevenir humain, ainsi que d'autres tâches.

Le loup ne peut pas utiliser une épée ou d'autres objets. En tant que loup, Link doit utiliser ses sens pour résoudre des énigmes et franchir des obstacles. La bête peut également creuser des trous pour trouver des cœurs et des roupies. Link peut pousser des blocs avec sa tête pour monter plus haut ou révéler des passages cachés. De plus, Link peut attaquer ses ennemis en les mordant ou en se jetant sur eux.

En tant qu'humain, Link peut se déplacer rapidement, viser avec son arc, brandir son épée, et même pêcher. Link collectionne également de nombreux objets différents, qui lui permettent d'effectuer des attaques variées et d'atteindre des endroits qu'il ne pouvait pas atteindre auparavant. Link effectue de nombreuses attaques avec son épée et peut même apprendre d'autres mouvements d'épée.

L'art du jeu est similaire au style naturaliste d'Ocarina of Time, plutôt qu'à l'aspect Cell-Shading de The Wind Waker. Chronologiquement, le jeu se déroule entre les deux titres mentionnés ci-dessus et il est possible de visiter un certain nombre d'endroits d'Ocarina of Time. L'aventure principale se déroule dans plusieurs provinces avec des donjons et des temples. Avec l'aide de Midna, vous pouvez facilement vous déplacer rapidement plus tard dans le jeu.