Tout commence par une chevauchée dans les bois où Link se fait déposséder de son cheval et de son ocarina par un mystérieux personnage masqué du nom de Skull Kid. Notre héros apprend par la suite de la bouche du vendeur de masques que cet être malicieux à commis un acte sacrilège en s'emparant du masque de Majora, une relique ancestrale qui apporte la malédiction et qui avait été scellée par les anciens. Le seul moyen d'empêcher l'apocalypse : reprendre possession du masque en l'espace de trois jours, avant que la comète au visage satanique n'entre en collision avec le monde de Termina. Grâce à l'ocarina, Link va pouvoir à son gré remonter le temps pour pouvoir revivre perpétuellement ces trois jours de fin du monde.

La quête se révèle donc beaucoup plus longue que les 72 heures initialement prévues, les petites quêtes annexes étant encore plus nombreuses que d'habitude. Le concept, bien que très déstabilisant au début, consiste à planifier ses activités de façon à remplir tous les objectifs en moins de trois jours, les éléments clés étant sauvegardés à chaque voyage dans le temps. L'alternance du jour et de la nuit sera donc bien entendu présente, et s'applique encore mieux à cet épisode où chaque personnage a un emploi du temps bien particulier qui varie selon la date et l'heure. L'autre grande nouveauté de ce nouvel opus, c'est bien sûr l'importance accordée aux masques. Ainsi, on pourra admirer notre petit elfe transformé en peste Mojo, en Goron ou encore en Zora.