À l'ère Japonaise Edo, le château de Murasame abritait une statue de pierre gigantesque connue sous le nom de Murasame. Le peuple vivait paisiblement jusqu'au jour où, durant une nuit orageuse, un étrange objet lumineux venu du ciel tomba sur le château. Des hurlements assourdissants surgirent du château, et l'objet lumineux se révéla être une créature extra-terrestre qui donna vie à la statue de pierre Murasame, et prit le pouvoir du château. La créature extra-terrestre étendit ses pouvoirs aux quatre châteaux voisins, donnant à chaque empereur Daimyō une sphère de pouvoir maléfique. Les seigneurs furent possédés par les pouvoirs malfaisants de l'extra-terrestre, et utilisèrent alors leurs sphères afin d'invoquer une armée de monstres et de ninjas pour attaquer les villageois. Tenu au courant par ces étranges événements, le shogunat dirigé par Tokugawa Letsuna décida d'envoyer Takamaru, un apprenti samouraï, pour une mission secrète consistant à enquêter sur le château. Incarnant Takamaru, le joueur devra infiltrer les quatre châteaux afin d'y affronter chaque seigneur, avant de combattre l'entité extra-terrestre responsable de tout ce grabuge.