Deux puissants empires, Archadia et Rozaria, sont en guerre. Tout ce qui compte pour eux, c'est la victoire sur l'adversaire. Pour l'obtenir plus rapidement, Archadia envahit le petit royaume de Dalmasca. Le jeune prince de Dalmasca tombe au combat peu après son mariage avec la belle princesse Ashe. Le roi est assassiné dans des circonstances mystérieuses juste avant de signer un traité de paix avec Archadia. Le règne de fer de l'empire est établi dans le petit pays.

Le joueur prend le contrôle d'un jeune voleur nommé Vaan qui vit à Rabanastre, la capitale de Dalmasca. À travers une série d'événements, Vaan se retrouve impliqué dans la lutte politique, espérant venger la mort de son frère assassiné par traîtrise.

Final Fantasy XII se déroule dans Ivalice, un monde fantastique qui a également servi de décor à Final Fantasy Tactics. Le jeu se distingue de ses prédécesseurs par plusieurs aspects essentiels liés au gameplay. L'univers du jeu est composé de vastes zones où les ennemis marchent visiblement. Il n'y a pas d'écran de combat séparé dans le jeu ; les combats se déroulent dans le même environnement que l'exploration. Les personnages contrôlés par le joueur peuvent se déplacer librement pendant les combats. Les actions sont toujours sélectionnées en choisissant des commandes dans un menu contextuel, et chaque personnage dispose d'une barre ATB traditionnelle qui détermine quand il peut agir ; cependant, dans l'ensemble, les combats ressemblent au système "temps réel avec pause" des jeux de rôle occidentaux tels que Knights of the Old Republic.

Le joueur peut donner des ordres spécifiques aux membres du groupe, ou leur assigner des stratégies de combat (appelées "gambits" dans le jeu). Les nouvelles magies, capacités et équipements sont achetés dans des magasins ou trouvés dans des conteneurs dans le monde. Avant qu'un personnage puisse les utiliser, le joueur doit acheter une licence correspondante en dépensant les points de licence gagnés au combat. Ceux-ci agissent comme des points de compétence et peuvent être attribués manuellement par le joueur sur le tableau des licences du personnage.

En plus des ennemis et des boss trouvés en suivant l'histoire, le joueur peut également accepter des "Chasses" affichées dans les bars ou proposées au joueur dans les conversations. Il s'agit de rencontres optionnelles où le joueur doit traquer, piéger ou attirer un monstre très puissant avant de le vaincre.