Après s'être remis de leurs blessures, King K. Rool et sa bande décident de se venger de l'humiliation que Donkey Kong leur a fait subir. K. Rool et ses sbires retournent donc sur l'île de Donkey Kong pour enlever, non pas les bananes, mais Donkey Kong en personne. Diddy, apprenant la mauvaise nouvelle, part à la recherche de son pote accompagné de la charmante Dixie. Heureusement pour vous, les membres de la famille Kong n'hésiteront pas à vous venir en aide.

Cette suite reprend le gameplay qui a fait le succès de son aîné, en y ajoutant toutefois quelques nouveautés bienvenues. En plus de 3 montures déjà présentes dans le premier volet (le rhinocéros, le perroquet et l'espadon), 4 nouvelles font leur apparition (une araignée, un serpent bondissant, un poisson éclairant et un phoque). Vous aurez aussi la possibilité de vous transformer en l'un deux. Autre nouveauté, lorsque les deux compères sont réunis, l'un peut prendre l'autre sur ses épaules et le projeter pour s'en servir de projectile. Dixie possède un atout génial, elle est capable de planer. Enfin, les niveaux bonus ont été repensés. Un stage bonus réussi vous permet de gagner une pièce Kremling. 15 pièces collectées donnent accès à l'un des 5 niveaux du monde secret, les 5 niveaux complétés donnant eux-mêmes accès à l'affrontement d'un puissant boss caché.