Suite aux dysfonctionnements d'un système de téléportation durant la Fête du Millénaire, une jeune fille devient prisonnière d'un enchevêtrement de dangers situés dans le passé et dans le présent. Le jeune Chrono décide de partir à sa rescousse. Cette version DS de l'un des plus grands classiques du jeu de rôle apporte des donjons inédits, une présentation adaptée au double écran et au stylet, ainsi qu'un mode de jeu sans fil.